中国土拉弗朗西斯菌B型亚种新亚型的发现与溯源分析

摘要

目的对于北京市1例疑似土拉热病例,进行实验室诊断和溯源分析。方法 2012年7月19日北京市报告1例疑似土拉热病例。从病例血液样本中提取基因组DNA后,采用土拉弗朗西斯菌（土拉菌）3种特异基因（fopA,tul4和16S rRNA）和两种基因分型引物（C1C4和RD1）,进行PCR检测并对扩增子测序。另外两个实验室分别平行进行了加pA的PCR扩增和测序。同时采用4个靶位点（fopA、ISFtul2、23kDa和tul4）进行荧光定量PCR检测,并采用11个规范的SNP和4个插入/缺失进行系统进化分析。结果 3种特异基因均得到阳性扩增,测序后得到的片段大小分别为409、407和1053 bp,经序列比对,显示病例感染的是土拉菌。两种基因分型引物扩增后分别得到了151和924 bp的序列,根据片段长度可判定病例感染的土拉菌为B型亚种。另外两个实验室对于fopA的PCR扩增和测序,均得到了阳性结果。4个靶位点的荧光定量PCR检测也均得到了阳性结果,fopA、ISFtul2、23kDa和tul4位点的Ct值分别为30、25、28和30。系统进化分析显示,本研究中土拉菌和俄罗斯来源的土拉菌聚在一个分支上,为B3亚型。结论该病例确定为土拉热病例,本研究在中国发现了土拉菌B型亚种的一个新亚型。