非小细胞肺癌甲醛固定石蜡包埋组织储存年限对DNA靶向捕获二代测序的影响

摘要

目的探讨非小细胞肺癌（NSCLC）甲醛固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的不同保存年限对DNA质量及靶向捕获二代测序的影响。方法收集上海市胸科医院经手术切除、FFPE后常规储存的NSCLC标本共147例。这些标本按储存年限分为＆1年（n=43）、1～3年（n=40）、＆3～5年（n=37）、＆5年（n=27）4组, 采用磁珠法提取DNA, 然后对其进行靶向捕获二代测序。分析不同保存时间对DNA片段化程度、文库产量、文库复杂度、测序成功率及测序突变类型的影响。结果随标本保存年限的增长, DNA片段化程度增高;文库总产量、总建库复杂度、测序成功率降低;测序单碱基突变类型C＆T（G＆A）频率最高。结论在常规FFPE标本储存条件[可控的低湿度室温（20～25 ℃）环境]下, 3年内的FFPE标本能够进行二代测序且结果高度可信;＆3～5年的FFPE标本可进行二代测序, 但存在假阴、阳性结果;5年以上的FFPE标本大部分仅可尝试进行二代测序检测。