中国基因3型乙型脑炎病毒E基因分子特征

摘要

目的以减毒活疫苗（SA14-14-2株）为对照,分析我国分离的基因3型乙脑病毒E基因区段核苷酸及氨基酸序列分子特征。方法从GenBank中获取相应乙脑病毒株E基因区段核苷酸序列,通过Clustal X（1.81）、DNAStar、GENEDOC（3.2）等生物学软件进行核苷酸和氨基酸位点差异分析。以蜱传脑炎病毒可溶性蛋白晶体结构为模板进行乙脑病毒E蛋白氨基酸位点分析。结果我国不同地域、不同宿主分离的基因3型乙脑病毒与SA14-14-2株核苷酸同源性分别在96%和95%以上,氨基酸同源性在95%和94%以上。在同一地域、同一宿主类型分离的毒株之间核苷酸和氨基酸同源性非常高。在E基因区段存在10处共同的氨基酸位点差异,在结构域Ⅰ（E160）、结构域Ⅱ（E123和E227）和两个未在结构域中的氨基酸位点（EA41和E487）等5个位点在部分基因3型乙脑病毒中存在差异。结论我国分离的基因3型乙脑病毒与减毒活疫苗株（SA14-14-2株）E基因区段同源性高,存在5处基因3型乙脑病毒特异的氨基酸位点差异,但现行减毒活疫苗株理论上可以保护我国分离的基因3型乙脑病毒野毒株。