河南省境外输入新型冠状病毒肺炎病例的病毒基因组特征分析

摘要

目的分析河南省境外输入2019新型冠状病毒（2019 novel coronavirus, 2019-nCoV）毒株的基因组进化特征及变异情况。方法纳入2020年5月至12月河南省报告的16例境外输入新型冠状病毒肺炎确诊病例, 采集患者咽拭子标本送至河南省疾病预防控制中心进行全基因组测序。以全球共享流感数据倡议组织平台上公布的SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1作为参考序列, 采用MEGA X软件进行序列比对和分析, 并采用最大似然法构建系统进化树。结果 16例病例中, 13例来自俄罗斯, 2例来自缅甸, 1例来自乌克兰。共获得16条基因组长度为29 804～29 882 bp的2019-nCoV基因组序列。共检测到145个核苷酸突变位点和80个氨基酸突变位点, 所有序列均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸位点突变, 以及刺突蛋白区D614G氨基酸位点突变。BetaCov/HEN02/Human/2020、BetaCov/HEN04/Human/2020和BetaCov/HEN05/Human/2020毒株基因组的第29704位点出现碱基A插入, 所有序列均未发现缺失变异。系统进化树分析显示, 16株毒株与目前流行的需关注的变异株均无相关性。结论 2020年5月至12月河南省境外输入病例的2019-nCoV毒株基因组突变呈现随机性和多样性, 均不属于需关注的变异株。