青海省一株柯萨奇病毒B5分离株全基因组分析

摘要

目的 对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5,CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析.方法 采用二代高通量测序对QH/CVB5/2018分离株进行全基因组序列测定,利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析.结果 QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7369 bp,编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白.基于基因组的序列同源性和系统进化分析,显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高,核苷酸序列一致性为96.9％(氨基酸序列同源性为99.5％);基于VP1序列的系统进化分析显示QH/CVB5/2018处于CVB5-C基因型;重组分析显示QH/CVB5/2018可能为CHN_SH/CVB5/2008和CHN_YN-CVB3/2009的重组株,重组发生在6114～7199 bp;氨基酸突变位点分析显示,相比于其他CVB5毒株,139S、864S、1086R、1693C、1814D和1819N为QH/CVB5/2018特异突变位点.结论 QH/CVB5/2018分离株属于柯萨奇病毒B组5型的C组基因型,可能为重组株.