柯萨奇病毒B5河南分离株全基因组序列测定及分析

摘要

目的:了解柯萨奇病毒B5(CoxB5)河南分离株全基因特征及与其他肠道病毒基因的关系。方法:采用RT-PCR扩增全基因,采用DNAStar中的SeqMan拼接所测序列,BioEdit进行同源性比较,Simplot进行相似度分析。结果:CoxB5/Henan/2010基因组全长7401bp。与原型株Faulkner相比,编码区氨基酸同源性为95.6%,核苷酸同源性为79.9%,其中VP4-VP2核苷酸差异为17.8%～20.4%,VP1核苷酸差异为19.5%,P2、P3核苷酸差异分别为19.5%、21.7%。不同型别肠道病毒间VP4-VP2核苷酸差异为14.4%～34.9%,VP1核苷酸差异为18.3%～42.3%,P2、P3核苷酸差异为17.1%～21.0%、15.5%～22.6%。结论:与原型株相比,CoxB5/Henan/2010株编码区发生沉默突变,其核苷酸变异并不影响氨基酸序列的变化;肠道病毒基因组各分区在进化中不同步。