诺如病毒深圳株SZ2010422全基因组序列测定及分析

摘要

目的分析GⅡ-4型诺如病毒深圳分离株SZ2010422全基因组序列,了解其分子结构特点及进化特性。方法根据New Orleans参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析及衣壳区氨基酸位点分析。结果 GⅡ-4型诺如病毒深圳SZ2010422株病毒基因组全长7559bp,病毒基因组分三个开放阅读框（ORFs）,ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100bp、1623bp和807bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠。深圳株SZ2010422基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型New Orleans变异株同源性最高,全长同源性为99.3%,ORF1、ORF2、ORF3同源性分别为99.5%、99.2%和98.6%。根据系统进化分析,深圳SZ2010422株属于GⅡ-4New Orleans变异株。通过对衣壳区氨基酸比对,NewOrleans变异株位点变化情况为:aa310N或K→S,aa341D→N,aa359T→S,aa396H→P,aa460H→Y。结论诺如病毒深圳株SZ2010422属于GⅡ-4型NewOrleans变异株。