苏北地区2003年病毒性脑膜炎爆发病原分离株Echo30的序列分析

摘要

目的测定2003年苏北地区无菌性脑膜炎爆发的病毒分离株部分基因序列,了解该流行株的分子生物学特点及遗传变异规律.方法随机选取3株分离的病毒株,用能特异性扩增肠道病毒VP1区3'段序列的两对引物012/011、040/011进行逆转录聚合酶链反应,扩增产物经凝胶纯化后测序.将序列输入GenBank用BLAST程序进行核苷酸和氨基酸序列比对;选取部分肠道病毒序列,经CLUSTALX1.83对齐后,在PHYLIP 3.5c中构建进化树,了解分离毒株Echo30的进化关系.结果 3株病毒测序结果均为Echo30型肠道病毒.进化树分析显示分离的Echo30毒株与国外1999年和2000年分离株的亲缘关系最近;但3株分离株自成一簇,与国外毒株存在地区差别.结论利用VP1区3'段序列可以快速正确区分肠道病毒分离株的型别,分离株与国外同型流行株在比较区段的遗传变异规律类似.