2003年苏北地区脑膜炎爆发病原ECHO30 的序列分析

摘要

目的:测定2003年苏北地区无菌性脑膜炎爆发流行的病因病毒分离株的部分基因序列,并与国外同型流行毒株相比较,了解本流行株的分子生物学特点及遗传变异规律. 方法:随机选取3株分离毒株,用能特异性扩增肠道病毒VP1区3'段序列的两对引物012/011、040/011进行RT-PCR,扩增产物经凝胶纯化后测序.将序列输入GenBank用BLAST程序进行核苷酸和氨基酸序列比对;选取部分肠道病毒序列,经CLUSTALX1.83对齐后,在PHYLIP3.5c中构建进化树,了解本次分离Echo30的进化关系. 结果:3株病毒测序结果均提示本病毒为Echo30型肠道病毒.进化树分析显示本次分离的Echo30毒株与国外99年和2000年分离株的亲缘关系最近;但3株分离株自成一簇,与国外毒株存在地区差别. 结论:利用VP1区3'段序列可以快速正确区分肠道病毒分离株的型别,本次分离株与国外同型流行株在比较区段的遗传变异规律类似.