自噬相关基因的表达量化及其对肾透明细胞癌的预后价值分析

摘要

目的采用生物信息学方法分析预后相关的自噬相关基因在泛癌中的表达并构建肾透明细胞癌(KIRC)的预后模型以准确评估患者的预后。方法于GEPIA数据库筛选与预后相关的自噬相关基因,得到的基因用ssGSEA计算其在各癌症中的自噬评分,以量化其在癌症中的表达。单因素、多因素Cox回归分析筛出自噬评分与KIRC患者预后的相关性。edgeR包分析KIRC患者差异表达的自噬基因,再进行逐步、LASSO和多因素Cox回归分析以构建风险预后模型,生存曲线、受试者工作特征曲线(ROC)评估模型的预测价值。CIBERSORT计算高低风险组间免疫细胞的浸润情况,采用CellMiner数据库筛选模型基因的敏感性药物。结果与预后相关的自噬相关基因在各癌症中的表达存在差异,其中在KIRC中表达最高,且自噬评分与其预后密切相关。经逐步回归分析、LASSO分析筛选出4个KIRC的预后模型基因,并经多因素Cox回归分析显示,BIRC5和EIF4EBP1高表达是影响KIRC预后的危险因素[HR(95%CI)=1.021(1.010~1.033)、1.003(1.001~1.005)],而BAG1和BNIP3高表达是影响KIRC预后的保护因素[HR(95%CI)=0.963(0.942~0.985)、0.997(0.994~0.999)]。模型基因风险评分、M分期和N分期可作为KIRC预后的独立影响因素(P<0.05)。ROC曲线显示,模型基因预测KIRC患者1、3、5年生存率的曲线下面积(AUC)分别为0.743、0.740、0.699。高低风险组患者在多种免疫细胞浸润中存在差异,与低风险组比较,高风险组中CD8^(+)T细胞、辅助性滤泡T细胞、调节性T细胞和M0巨噬细胞等比例显著增加,而静息杀伤细胞、单核细胞和静息肥大细胞等比例显著降低。模型基因与多种癌细胞系药物的敏感性相关,尤其是在肾癌细胞系中,相关性系数可达到0.9以上。结论自噬相关基因分析可为KIRC患者提供独立、可靠的生物标志物和治疗靶点,为探索KIRC个性化治疗提供新思路。