NK/T细胞淋巴瘤基因组中EBV DNA整合检测及分析

摘要

目的:明确NK/T细胞淋巴瘤(NK/T cell lymphoma,NKTCL)基因组中是否存在EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)DNA整合,初步分析NKTCL细胞系基因组中EBV DNA整合信息.方法:利用PCR法扩增EBV DNA和原位杂交法检测EBER表达,验证由郑州大学第一附属医院生物样本库提供的5例EBV(+)及4例EBV(-)NK/T样本EBV感染情况.测序全基因组DNA样本并进行生物信息学分析.利用全基因组序列比对捕获EBV整合序列;使用Blast比对样本EBV fasta文件与EBV fasta库.采用CREST软件提取softclip reads,过滤paired reads并对过滤后的reads进行染色体分布的统计.使用IGV比对染色体部分区域reads分布情况,采用PCR法扩增EBV DNA高频整合区域并行sanger测序.结果:5例EBV(+)NK/T样本中均检测出EBV DNA和EBER表达, 4例EBV(-)NK/T样本则未能检出.样本的测序深度、覆盖深度、覆盖率和比对率均满足后续研究要求.比对结果显示捕获的序列为病毒序列.EBV(+)NKTCL细胞系SNK、YTS和EBV(+)鼻腔NTKCL组织的reads数目最多,且在2号染色体上呈非随机性富集.chr2:30234084-30234483 400 bp区域存在EBV DNA整合,并导致chr2p23.1位点的插入缺失.结论:EBV(+)NKTCL细胞在chr2p23.1位点存在EBV DNA的高频整合,提示可能影响相关基因表达.