寡核苷酸芯片探针固定化和杂交条件的优化

摘要

目的探讨寡核苷酸芯片探针固定化的方法,优化杂交条件.方法设计spacer为poly(dT)10～20的长度为15～30 mer的探针,与122～1 067 bp的荧光标记靶序列杂交,杂交温度选择42 ℃～65 ℃,杂交时间选择1～3 h.扫描分析杂交结果,通过Quantarray定量分析软件进行定量.结果较短的如100 bp左右的靶序列,spacer为poly(dT)10、探针为20 mer左右即可获得非常理想的杂交结果.较长的如750 bp左右的靶序列,较短的spacer不能获得理想的杂交结果,可以选择poly(dT)15或poly(dT)20,探针应为20 mer以上,25 mer和30 mer均能获得较好的杂交结果.1 k以上的靶序列与15～30 mer的探针杂交信号较弱.结论通过优化杂交条件可以有效地提高杂交效率.