星形细胞瘤生存预后相关miRNA-mRNA调控关系对筛选

摘要

利用GEO数据库中的芯片数据,筛选与星形细胞瘤生存预后相关的miRNA-mRNA调控关系对,为后续研究提供理论支持.下载芯片数据利用R语言进行差异表达分析,得到星形细胞瘤较正常组织表达显著改变的miRNA与mRNA;通过miRNA靶基因预测,将靶基因与差异表达mRNA取交集,明确mRNA与miRNA之间的关系;利用GEPIA2.0工具在TCGA数据库中筛选有生存价值的mRNA并验证表达情况,利用OncoLnc工具对相应miRNA进行生存分析.筛选到差异表达的miR-NA 90个(表达上调22个,下调68个);差异表达的mRNA 644个(表达下调476个,上调168个);根据miRNA靶基因预测结果,整理出miRNA-mRNA关系对30个,对其中的mRNA与miRNA进行生存分析,共得到7个miRNA-mRNA关系对与LGG患者生存预后明显相关,未筛选到与GBM患者生存预后有关的调控关系对.本研究筛选到的7个miRNA-mRNA调控关系对与LGG患者生存预后显著相关,可为相关研究与治疗提供靶点和参考方向.