大熊猫轮状病毒CH-1株外衣壳蛋白(VP7)基因的克隆和生物信息学分析

摘要

为研究大熊猫轮状病毒(Giant Panda Rotavirus,GPRV)CH-1株外衣壳蛋白VP7基因的结构及功能,用MA-104细胞(恒河猴胎猴肾细胞)增殖GPRV,提取总RNA,运用RT-PCR扩增VP7基因,并测序,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树.结果显示成功获得了长1 042 bp的GPRV VP7蛋白基因(GenBank登录号GU188284).经生物信息学分析,此序列包含1个981 bp的完整开放阅读框,编码326个氨基酸;预测GPRV VP7蛋白理论相对分子质量为37 354.8 U,等电点为4.76,半衰期为30 h,不稳定系数为26.71,总平均亲水性为-0.015,疏水性介于-2.344~3.567;1-24位氨基酸可能是信号肽序列;跨膜结构分析表明VP7蛋白有2个跨膜区,其N端和C端都位于病毒膜外区;抗原表位预测显示VP7蛋白有12个抗原决定簇;结构预测显示其可能包含2个N-糖基化作用位点,5个蛋白激酶c磷酸化作用位点、4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点、1个酪氨酸激酶磷酸化作用位点、4个N-豆蔻酰化位点、1个原核膜脂蛋白脂附着点和1个革兰氏阳性球菌表面蛋白‘锚'六肽.系统进化树分析显示GPRV VP7基因与人A组轮状病毒VP7基因的进化距离最近.本研究成功获得了GPRVVP7基因,为今后研究此基因的生物学功能以及建立该病毒的诊断方法奠定基础.