鸭疫里默氏杆菌Ⅰ型磷酸二酯酶基因的发现及其分子特征分析

摘要

以兔抗鸭疫里默氏杆菌(RA)阳性血清对RA血清1型CH-1株表达型DNA文库中已通过蓝白斑筛选的一个阳性克隆进行了原位杂交筛选.经过5次免疫筛选后,阳性斑经过体内删除,噬菌粒经酶切分析和序列测定,得到一段4434bp的插入DNA片段.运用NCBI的BLASlN、BIASTP、ORF Finder、Conserved Domains、EMBL的FASTA等程序对该片段中的一个命名为ORF1689的开放阅读框架进行了全面的生物信息学分析.结果显示ORF1689起始密码子上游存在核糖体结合位点,完整ORF含1689bp,编码562个氨基酸,其编码蛋白的理论分子量为59.5kD,等电点为5.82.ORF1689具有phosphodiest蛋白家族的保守区域,与丙杆菌属的Caulobacter sp.K31、鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas sp.)、Sphingopyxis alaskensis和Novosphingobium aromaticivorans的Ⅰ型磷酸二酯酶基因的氨基酸序列同源性分别为49.283%、38.716%、38.693%和38.313%,表明该基因是一种新的Ⅰ型磷酸二酯酶基因.该研究结果对阐明Ⅰ型磷酸二酯酶的生物学功能和RA的生理特性与致病机理提供了理论基础和实验数据.