BEAMing ddPCR与Super ARMS检测EGFR 酪氨酸激酶抑制剂治疗后非小细胞肺癌患者 循环肿瘤DNA EGFR基因突变的比较研究

摘要

cqvip:背景与目的:BEAMing微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)被认为是灵敏度极高的基因突变检测方法,探讨该方法和扩增阻碍突变系统(Super amplification refractory mutation system,Super ARMS)检测表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)治疗非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者后循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)EGFR基因突变的灵敏度差异,进而为指导临床ctDNA检测方法的选择提供更多参考。方法:收集复旦大学附属肿瘤医院2017-2018年接受过EGFR TKI治疗的NSCLC患者血浆33例及国家病理质控评价中心(PathologyQualityControlCenter,PQCC)模拟血浆10例,采用凯杰血浆游离核酸纯化试剂盒进行循环游离DNA(circulating free DNA,cfDNA)提取,分别用ddPCR和Super ARMS方法进行EGFR基因19 del、T790M和L858R突变检测,两种结果进行对比和统计学分析。结果:33例临床样本应用两种方法检测19 del、T790M和L858R突变,阳性率分别为27.3%vs 27.3%(P=1.00)、42.4%vs 27.3%(P=0.23)和27.3%vs 27.3%(P=1.00)。10例PQCC样本结果与标准结果相比,ddPCR检测T790M符合率显著高于Super ARMS(P=0.01)。ddPCR和Super ARMS检测T790M的样本突变丰度范围分别为0.04%~7.66%和0.05%~7.66%。11例T790MddPCR(+)/Super ARMS(-)的平均突变丰度为0.19%(0.04%~0.76%),与10例Super ARMS(+)平均突变丰度[1.73%(0.05%~7.66%)]差异有统计学意义(P=0.03)。EGFR TKI耐药突变T790M突变丰度在0.01%~0.20%、0.20%~1.00%和>1.00%区间的分布分别为42.9%、14.2%和42.9%。结论:BEAMing ddPCR法较Super ARMS法具有更高的灵敏度,可检出更多T790M耐药患者,可能为更多患者选择最有效的靶向治疗方案提供参考。