基因芯片分析亚洲人胰腺癌细胞株纯合性缺失

摘要

目的 为了探索亚洲人种胰腺癌癌变过程中的基因异常,研究亚洲人胰腺癌基因组的纯合性缺失.方法 应用高密度的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测8种亚洲人胰腺癌细胞株基因组的纯合性缺失,并应用分析软件进行数据分析,用PCR验证纯合性缺失住点.结果 8种亚洲人胰腺癌细胞基因组中,发现34个纯合性缺失区域,其中26个区域是编码区,8个区域为非编码区.筛选可能与胰腺癌发生和发展有关的15个编码区,经PCK验证其中12个区域确实为纯合性缺失,芯片的准确度为80%,其中最小缺失区域为0.3kb.染色体9p21.3为缺失频率最高的区域.结论 应用高解析度的SNP芯片,可以检测全基因组范围内的胰腺癌纯合性缺失,筛查到很小的缺失位点.这些纯合性缺失区域可能含有新抑癌基因,为今后胰腺癌的研究提供了新的线索和方向.