鸡胸腺组织中免疫相关circRNA鉴定

摘要

【目的】筛选鸡胸腺中免疫相关的环状RNA(circular RNA,circRNA),研究circRNA在鸡免疫调节中的作用。【方法】采用高通量测序平台Illumina PE150对黄羽肉鸡和山地乌骨鸡的胸腺组织进行转录组测序,用生物信息学分析软件find_circ和CIRI识别circRNA分子,鉴别其基本结构特征。通过差异显著性分析筛选差异表达circRNA,再经过GO功能和KEGG通路富集分析筛选出免疫相关circRNA,用IRESfinder和PFAM软件进行circRNA编码潜能预测,并用实时荧光定量PCR进行验证。【结果】circRNA在鸡胸腺中有丰富的表达,共识别到8015个circRNAs,其中115个circRNAs在胸腺组织中的表达量呈显著差异(log2|FoldChange|>1,P<0.05),在黄羽肉鸡中上调表达基因54个,下调表达基因61个(以山地乌骨鸡为对照)。GO功能富集结果显示有104个GO条目与免疫相关,涉及23个差异表达cricRNAs,占比高达20%(23/115)。KEGG通路分析结果显示,差异表达circRNA来源基因集中在细胞因子-细胞因子受体相互作用、RIG-Ⅰ样受体信号通路、Toll样受体信号通路等7个免疫相关通路中,共涉及7个差异表达circRNAs。有5个circRNAs在GO功能和KEGG通路富集分析中重复出现:circ_0002478(IL-1R1)、circ_0003208(MAPK11)、circ_0001674(STX8)、circ_0005105(RIPK2)和circ_0003590(BRAF),推测它们可能在免疫系统调节中扮演着重要角色。实时荧光定量PCR结果显示,5个circRNAs在2个鸡品种胸腺组织中的表达差异与测序结果一致,circ_0002478(IL-1R1)不仅在两品种间差异极显著(P<0.01),而且具有编码多肽潜能,它可能以多种方式参与免疫调节。【结论】鸡胸腺组织中有丰富的circRNA,在与免疫相关的circRNA中circ_0002478(IL-1R1)可能通过多种方式参与免疫调节,可作为鸡免疫力研究的重点关注靶点。