儋州鸡体尺性状全基因组关联分析

摘要

【目的】挖掘影响地方鸡体尺性状的有效SNP位点及功能基因,给儋州鸡育种工作提供有效的数据基础和理论支撑。【方法】共采集200只儋州鸡血样并提取基因组DNA,利用10×全基因组重测序技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。使用EMMAX软件基于混合线性模型对70日龄的儋州鸡体尺性状(胫长、胫围、体斜长、胸宽、髋骨宽、胸深、龙骨长)进行全基因组关联分析。【结果】共发现与胫长性状和胫围性状基因组水平显著相关的SNPs位点有12和8个,与胫长性状相关SNPs分别定位于1、2、4和8号染色体上;与胫围性状相关的SNPs定位于2、4、8和13号染色体上。预测与胫长相关的候选基因为KCNA1、TPK1、EZH2、FSTL5和AMY2A基因,与胫围相关的候选基因为TPK1、FSTL5、AMY2A、TGFBI、LECT2和IL-9。通过KEGG通路分析和GO注释发现,8个基因参与钾离子跨膜转运、硫胺素新陈代谢、细胞增殖、钙离子结合、骨骼肌卫星细胞维持与骨骼肌再生、细胞受体相互作用、生长因子活性等生物学进程。【结论】本研究发现了20个与儋州鸡体尺性状关联的SNPs位点,并筛选到8个目标性状候选基因,为儋州鸡育种提供候选的分子标记,为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。