京海黄鸡体组成性状的全基因组关联分析

摘要

为了获得影响京海黄鸡体组成性状的SNPs标记及候选基因,为京海黄鸡的进一步遗传改良提供新的方法,本研究使用Illumina公司的鸡60K SNP芯片,对京海黄鸡13个体组成性状进行全基因组关联分析.共筛选出13个与体组成性状达到5％ Bonferroni全基因组显著相关的SNPs(P＜1.8E 6),130个达到5％Bonferroni全基因组潜在相关的SNPs(P＜3.59E-5).13个显著SNPs位于GRIK1、NCAPG、KCNIP4和CACNA2D2等12个基因的附近或内部,其中6个SNPs位于4号染色体上一个1.6 Mb区域(74.3～75.9 Mb).130个潜在显著的SNPs中,有25个集中分布在4号染色体上的一个7.4 Mb(71.5～78.9 Mb)的区域内.共构建了5 650种单倍型,其中,14个与京海黄鸡6个体组成性状显著相关,14个单倍型中,9个位于4号染色体74.3～75.9 Mb区域内,该区域内包括LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B在内的多个功能基因.本研究结果表明,位于4号染色体的71.5～78.9 Mb区域以及该区域附近的GRIK1、NCAPG、KCNIP4、CACNA2D2、LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B基因对京海黄鸡的体组成有重要影响.