广西猪瘟病毒E0和E2基因的克隆及序列分析

摘要

通过分析目前广西猪瘟病毒(CSFV)的E0和E2基因特征,为了解广西地区CSFV的分子流行病学、遗传变异及综合防控提供科学依据.试验采用RT-PCR方法,对阳性猪瘟样品进行CSFV的E0及E2基因的扩增,经克隆、测序后,利用DNAStar软件对序列进行比对分析,同时绘制系统遗传进化树.结果表明,从阳性猪瘟样品中成功扩增CSFV的E0及E2基因.序列比对分析发现,GX2毒株与参考毒株的E0基因核苷酸同源性在83.1％～94.1％,其推导氨基酸同源性在85.9％～99.6％;与参考毒株的E2基因核苷酸同源性为81.7％～93.7％,其推导氨基酸同源性为89.0％～97.0％;E0与E2基因均属于基因Ⅱ群.氨基酸变异位点分析表明,E0蛋白的RNase活性区域氨基酸基序位点没有发生变异;E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异,但单抗识别位点S734R发生变异.遗传进化分析显示测定的GX2毒株与近年来广西CSFV流行毒株的变异趋势相似,与中国传统疫苗株HCLV、经典强毒株Shimen的同源性较低,亲缘关系较远,与广西近年来的流行毒株GXWZ02株的同源性较高,亲缘关系较近.