盐芥ICE1转录因子的克隆及生物信息学分析

摘要

ICE1 基因编码一个MYB 类型的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子,在冷胁迫条件下调节CBF基因的表达,能够提高植物抗寒性.利用盐芥5′EST序列和拟南芥ICE1 3′UTR保守序列设计引物,从盐芥基因组中克隆得到了1个2 525 bp的基因xhICE.生物信息学分析,表明该基因具有4个外显子,4个内含子,外显子/内含子边界符合经典的GT-AG规则.由此推导的cDNA包含一个1 500 bp的开放阅读框,编码500个氨基酸.与拟南芥ICE1相比,二者的内含子具有相同的类型和相对保守的位置,在核酸水平与氨基酸水平高度同源,并且具有相同的bHLH结构域.以上分析都表明,xhICE基因可能是盐芥ICE1基因,涉及抗寒相关的CBF转录调控途径.