禽呼肠孤病毒C-98、T-98分离株S2基因的克隆及序列分析

摘要

参考GenBank中禽呼肠孤病毒176株(ARV 176)S2基因设计引物,对禽呼肠孤病毒内蒙古地区分离株C-98和禽呼肠孤病毒天津地区分离株T-98进行总RNA的提取,以其为模板,应用RT-PCR方法扩增病毒S2基因的cDNA片段,将纯化的cDNA片段克隆到pEASY-T1载体后进行序列测定.结果表明,获得的ARV C-98和ARV T-98的S2基因全长为1 324 bp,包括15 bp的5’非编码区和58 bp的3’非编码区,阅读框位于5’端第16位核苷酸和第1 266位核苷酸之间.ARV C-98和ARV T-98分离株S2基因的核苷酸同源性很高,达到了99.8％,将C-98、T-98株的S2基因核苷酸序列和参考毒株的S2基因序列进行同源性分析,结果表明,ARV C-98和ARV T-98分离株的S2基因与参考毒株ARV 176、ARV 918、ARV 919、ARV1733、ARV GX2010、ARV S1133和DRV YJL S2基因的核苷酸同源性最高,在99.2％～99.8％之间；与参考毒株ARV 138和ARV AVS-B S2基因的核苷酸同源性在92.1％～94.1％之间；与参考毒株ARV 601SI、ARV 916和ARV 1017-1 S2基因的核苷酸同源性在87.3％～87.8％之间；与参考毒株DRV 091、DRV S12和DRV S14S2基因的核苷酸同源性在77.3％～78.2％之间；与参考毒株MRV 3、MRV 3-jin-1和MRV 3-T3D S2基因的核苷酸同源性最低,在2.4％～5.5％之间.遗传进化树分析显示:ARV C-98和ARV T-98分离株与参考毒株共分为4个遗传进化分支.