霍乱弧菌分型噬菌体VP3基因组序列的测定与分析

摘要

测定和分析霍乱弧菌分型噬菌体VP3基因组序列,并为El Tor型霍乱弧菌两类菌株的分型方法原理提供研究基础.鸟枪法构建VP3噬菌体全基因组随机文库;测序拼接成最小重叠群,引物步移法填补缝隙序列,拼接后获得VP3全基因组序列.PCR随机扩增噬菌体DNA片段并酶切鉴定;预测可能存在的开放读码框(ORF);对VP3和相关噬菌体的DNA 聚合酶基因作进化树分析,协助判定VP3的分类;对预测的部分启动子区利用报道基因进行活性分析.VP3全基因组为环状双链DNA,长度39504bp;酶切鉴定结果与序列一致.确定了49个ORF,注释了27个ORF 的编码产物,其中有20个基因产物与T7样噬菌体同源,包括RNA 聚合酶(RNAP)、参与DNA 复制的蛋白、衣壳蛋白、尾管及尾丝蛋白、DNA包装蛋白等.DNA 聚合酶(DNAP)进化树分析表明VP3与T7样噬菌体有同源性.将预测的10个启动子序列克隆到lacZ融合质粒pRS1274上,经检测均具有启动子活性.测定和分析VP3 的基因组序列,基因组结构与进化树分析提示VP3属于T7噬菌体家族.