鸭肝炎病毒新血清型基因组序列分析

摘要

[目的]为了揭示鸭肝炎病毒新血清型(DHV-N)G株的演化及其与DHV-1的基因序列差异.[方法]运用RT-PCR结合5'-/3'-RACE策略对DHV-N G株基因组进行扩增,克隆测序后进行序列分析.[结果]DHV-NG株全基因组序列除12 nt poly(A)尾外全长共7774 nt,含有一个大的开放阅读框,编码2251 aa的蛋白前体,其基因组结构:5'UTR-L-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3'UTR;3'UTR长为366 nt,比1型鸭肝炎病毒C80株多52 nt;VP1蛋白与DHV-1相比发生较大的变异,特别在其第140～221位;其基因组与DHV-1、韩国DHV-N和台湾DHV-N的同源率分别为72.8%～73.4%、96.3%～96.5%和78.3%.[结论]DHV-N G株基因组结构与DHV-1存在明显差异,在DHV-N成员DHV-N G株与韩国DHV-N关系更为密切.