新型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

摘要

为了解新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组变异情况,本研究将广东地区分离到的1株,山东地区分离到的2株与1型DHV(DUV-1)无抗原交叉性的新型DHV(N-DUV)全基因组序列测定的结果进行了分析.结果表明,N-DHV基因组全长7 786 nt～7 788 nt,仅有一个ORF,其结构具有典型的微RNA病毒科病毒基因组特征.ORF编码一个2 251 aa的聚合蛋白,该蛋白经3Cpro切割产生3个结构蛋白(VPO、VP3、VP1)和8个非结构蛋白(2A1、2A2、2B、2C、3A、3B、3C、3D).与其他N-DHV毒株及DHV-1的抗原性相关VP1蛋白氨基酸序列比对表明,3株病毒之间及与国内分离的N-DHV G株的同源性均在98%以上,与韩国N-DHV同源性均大于92%,与中国台湾地区N-DHV同源性为80.1%～80.9%,与DHV-1的同源性为76.9%～77.3%.3株病毒与韩国N-DHV VP1氨基酸差异位点主要集中在C-端的高变异区.依据微RNA病毒科人肠病毒属血清型分型标准,GD株、SD01株、SD02株与韩国N-DHV和G株属于同一血清型,而与DHV-1和中国台湾地区新型DHV属于不同的血清型.