一种新的引物二聚体形成机制

摘要

目的 通过SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR无模板测试技术,阐明引物二聚体形成的机制,解决PCR反应中引物二聚体形成的问题,推动SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR技术的应用.方法采用 SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR技术检测不同特点的典型引物对形成引物二聚体的Ct值,检测特异的反义核苷酸、短寡核苷酸对二聚体的影响,测试优化方案在HBV DNA定量检测中的效果.结果 SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR测试发现,3′端连续6~7碱基反向互补的引物对的Ct值:5.0、10.0、11.0;与另一引物中部连续6个碱基反向互补的Ct值:30.0、28.0、29.5;与另一引物5′末端连续6个碱基反向互补的引物对的Ct值:32.0、29.5、31.0.普通引物对测试的Ct值:27.5、29.0、31.0;中间部分同向相同的引物对测试的Ct值:36.5、43.0、39.0;同向相同的引物对未形成二聚体,反向相同引物对测试Ct值是30.5.低温预处理的短寡核苷酸促进二聚体形成,而在热启动PCR反应中无作用,特异的反义核酸抑制二聚体.PCR增效剂推后普通引物对的二聚体1个循环,推后部分同向相同的引物对的二聚体10个循环.中间部分相同的引物对检测低浓度质粒标准品比普通引物对检测结果更精确.结论 提出一种新的引物二聚体形成机制:引物对在3′末端碱基反向互补结合的基础上,借助剩余序列的同向互补力量拉近彼此在空间上的距离,从而进行延伸反应形成引物二聚体.中间偏3′端同向相同的引物对可以有效抑制引物二聚体,并且该作用可以被其他优化方法加强.