基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选

摘要

以菲律宾蛤仔转录组测序所得拼接序列为基础,采用MISA软件进行微卫星分析,对其中的145个微卫星位点进行引物设计,得到具有清晰扩增条带的微卫星位点58个.对大连庄河野生蛤仔群体的扩增结果表明,18个位点显示单态性,40个位点表现为多态性.该群体40个多态性微卫星位点得到的等位基因数在2-6之间,平均等位基因数为3.4250±0.9718,观测杂合度和期望杂合度分别在0.0000-1.0000和0.0615-0.7996之间,平均值分别为0.2727±0.2272和0.4739±0.1902,群体平均Nei指数为0.4664±0.1872.多态信息含量(PIC)在0.0586-0.7529之间,平均值为0.4148±0.1707,其中16个微卫星位点的PIC值大于0.5,为高度多态性,15个位点0.25＜PIC＜0.5,为中度多态性,其余9个为低度多态性.经Sequential Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验,有10个位点尚未偏离平衡.基于转录组平台筛选微卫星标记的方法,在很大程度上推动了DNA分子标记的开发.研究开发的微卫星标记可用于蛤仔群体遗传学、遗传连锁图谱构建及其他相关研究,为蛤仔分子标记辅助育种及群体种质保护等工作提供技术支持.