基于转录组测序的高原鼢鼠多态性微卫星标记筛选

摘要

利用第二代高通量测序技术对高原鼢鼠(Eospalax baileyi)大脑组织进行转录组测序,筛选微卫星标记,分析其组成与特征,并检验其多态性,为高原鼢鼠微卫星标记的开发及后续研究等奠定基础。结果发现:在获得的29090个微卫星标记中单核苷酸重复A/T是重复次数最多的类型(54.31%),其次为二碱基重复CA/TG(10.46%),其他碱基重复类型仅占16.79%。随机选取104个微卫星位点进行引物设计,发现有43个位点扩增成功。12个多态性位点经毛细管电泳检测发现,等位基因数为3~12个,观测杂合度(Ho)为0.263~0.937,平均值为0.651,期望杂合度(He)为0.285~0.844,平均值为0.600。使用Bonferroni校正后,有2个微卫星位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P<0.01),10个微卫星位点未观察到显著的连锁不平衡(P>0.01)。多态信息含量(PIC)在0.251~0.816,全部为中度多态性(0.2500.500)。这些微卫星标记为高原鼢鼠的亲权关系鉴定、种群遗传学等研究提供了基础数据。