6-烷基鸟嘌呤与DNA碱基间氢键作用的理论研究

摘要

用密度泛函B3LYP方法在6-311+G**基组水平上对鸟嘌呤及顺(cis-)、反式(anti-)-6-烷基鸟嘌呤(O6-AlkylG)与DNA碱基(胸腺嘧啶T、胞嘧啶C、腺嘌呤A、鸟嘌呤G)的氢键二聚体结构进行了优化.在MP2/cc-pVXZ(X=D,T)//B3LYP/6-311+G**水平上,采用完全基组外推方法校正了氢键二聚体的相互作用能,并用完全均衡校正法(CP)校正了基组重叠误差(BSSE).在B3LYP/6-311+G**水平上计算了各氢键碱基对的全电子波函数,并用分子中的原子理论(AIM)分析了碱基间的弱相互作用.计算结果显示,鸟嘌呤6-O烷基化改变了碱基间的氢键作用模式,使碱基对发生了明显的螺旋桨式扭转和不同程度的位移,碱基间的电子密度分布和氢键作用能明显减小.O6-AlkylG对DNA碱基间的氢键作用是去稳定化的,去稳定化影响的顺序为GC＞GG＞GA≈GT.计算结果与文献给出的实验结论基本一致.