人类全基因组范围的CPG岛的预测与分析

摘要

CpG岛的甲基化是表观遗传中基因表达调控的重要机制.虽然目前已存在几个从DNA序列判别CpG岛的标准,但如何在标准中选择合适的参数仍是研究的焦点.文章通过分析比较两种经典CpG岛判定标准与三种预测方法,提出了改进的CpG岛预测方法--CpGI Seeker.应用该预测方法,结合判定标准中的三个基本参数组合出的13组组合参数,在人类全基因组范围内进行了CpG岛预测,并统计分析了CpG岛的重复序列组成以及相对于基因转录起始位点的位置分布情况.分析结果表明CpGI Seeker具有更精确判定CpG岛的特性;同时还提示,随着判定标准严格性的增加,CpG岛的重复序列含量降低,与基因转录起始位点的相关性提高.将CpG岛最小尺寸为500bp、GC含量为60%、CpG出现率达到0.65的组合参数作为标准,是目前预测CpG岛的最佳方式.