裂殖酵母复制起始位点的序列特征分析和预测

摘要

DNA的精确复制是保证基因组完整性的关键.裂殖酵母是研究真核生物DNA复制等基因表达调控过程的重要模式生物.作者统计分析了裂殖酵母复制起始区的碱基组分、k-mer(k=2～4)频数、GC/AT位点偏差和GC/AT位点组分.结果发现:复制起始区的AT含量显著高于非复制起始区,且富含WW(W为A或T)二联体,而非复制起始区富含SS(S为G或C)二联体;复制起始区和非复制起始区的GC/AT位点偏差、GC/AT位点组分也存在显著差异.另外,作者仅基于DNA序列或结构特征,使用支持向量机区分了裂殖酵母复制起始区和非复制起始区,预测总精度约70％.表明DNA序列对裂殖酵母的复制起始有重要影响.该研究对进一步阐明真核生物的复制机制有重要的理论意义.