基于去折叠自由能的蛋白质结构域划分方法--适用于连续与不连续结构域

摘要

结构域是蛋白质的一个结构层次,可以看作是蛋白质结构、折叠、功能、进化和设计的基本单位.大多数的蛋白质都可分为若干个结构域,结构域的不同组合使蛋白质具有不同的三级结构并具有不同的功能.蛋白质结构域的划分在理论与应用上都具有重要意义,但目前对结构域的划分还没有一个十分理想的方法.作者曾经发展了一种通过计算去折叠自由能划分蛋白质结构域的方法,但该方法只适用于连续双结构域的划分.现在,作者通过构造氨基酸残基相互作用矩阵,并进行对应分析(correspondence analysis),然后根据去折叠自由能和一些经验打分函数对蛋白质进行切割和优选,发展了可以同时处理连续和不连续结构域的划分方法.该方法与晶体结构作者手工分析相比较,二者的结果有76%的相似.