基于重测序的陆地棉InDel标记开发与评价

摘要

碱基插入/缺失(InDel)是基因组中丰富的遗传变异形式.InDel以其密度高、易于基因型分型等优点成为分子标记开发的理想来源.本研究利用262份陆地棉品系重测序数据鉴定的InDel位点,在全基因组范围内设计了3206个InDel标记并挑选均匀分布的320个标记进行验证.320个标记筛选出87个多态性标记,多态性率为26.88％.利用多态性标记对不同地理来源的262份陆地棉种质资源进行基因分型,共检测到160个等位位点;多态性信息含量(PIC)为0.0836～0.3750,平均值为0.3073;基因多样性指数变异范围为0.0874～0.5000,平均值为0.3876,表明我国陆地棉遗传基础相对狭窄.群体结构分析将262份陆地棉品系大致划分为2个亚群,聚类分析和主成分分析的结果与之基本一致.采用混合线性模型(Mixed linear model)对6个纤维品质性状的关联分析检测到65个关联位点(P＜0.01),各位点对表型变异贡献率为2.57％～8.12％.本研究旨在利用重测序数据开发全基因组范围的可用于凝胶检测的InDel标记,为棉花种质资源研究和分子标记辅助选择育种提供便捷工具.