荷斯坦奶牛不同群体牛舍土壤细菌菌群结构差异分析

摘要

为探究荷斯坦奶牛不同群体牛舍土壤细菌菌群结构差异,本试验于宁夏某规模化荷斯坦奶牛场不同群体牛舍分别采集土壤样品,利用16S rDNA测序测定其细菌菌群结构。结果表明:不同群体牛舍土壤细菌菌群的OTU数目与Alpha多样性均无显著差异(P>0.05),主坐标分析(PCoA)结果显示,不同群体牛舍土壤细菌菌群的Beta多样性差异明显,高产泌乳牛舍土壤与低产泌乳牛舍土壤的细菌菌群结构较接近。不同群体奶牛牛舍土壤的优势菌门(丰度>10%)基本为变形菌门、拟杆菌门、放线菌门与厚壁菌门,泌乳牛舍土壤中放线菌门的丰度显著高于其他群体牛舍土壤(P3%)差异明显,各牛舍土壤的优势菌属中,Proteiniphilum、Fermentimonas、Truepera等蛋白质降解菌在非泌乳阶段牛舍土壤中的丰度较高;脱硫杆菌属、盐单胞菌属、硫碱螺旋菌属等嗜盐碱的菌属在干奶牛舍土壤与断奶犊牛舍土壤中的丰度较高;不动杆菌属与鞘脂杆菌属等致病菌在高产泌乳牛舍土壤中的丰度较高。