宏基因组二代测序技术在危重症患者感染中的诊断价值及临床应用

摘要

目的：　　探讨宏基因组二代测序技术（mNGS）对危重症患者感染的诊断价值及其对抗感染治疗方案的影响。　　方法：　　收集2020年4月至2021年9月在安徽医科大学附属省立医院重症加强治疗病房（ICU）住院且合并感染的危重症患者的临床资料。纳入标准包括：（1）同时或间隔24小时采集相同类型的标本送检传统病原微生物检测（CMT）和mNGS；（2）考虑社区获得性感染的患者，其标本采集需在ICU入住后48h内完成；（3）考虑院内获得性感染的患者，需在确定感染诊断后48h内采集标本。排除标准包括：（1）回顾性综合诊断为非感染性疾病；（2）病历资料不完整；（3）标本经过mNGS的质量控制不合格;（4）考虑标本泄露或污染。以传统病原微生物检测方法为参考，评价mNGS的诊断效能，并分不同标本类型进行亚组分析。根据免疫状态将患者分为免疫功能正常组免疫功能低下组；根据感染发生的地点将患者分为社区获得性感染（CAI）和医院获得性感染(HAI)组。比较组间病原谱差异，分析mNGS对危重症患者抗感染治疗方案调整的影响。　　结果：　　最终纳入234例患者。总体而言，mNGS检测细菌的敏感性和特异性分别为94.3%（95%CI，89.3%–99.2%）和50.3%（95%CI，42.2%–58.5%）；对真菌检测的敏感性和特异性分别为85.7%（95%CI，64.8%-106.7%）和88.2%（95%CI，83.9%-92.5%）。mNGS共检测到152个病毒，但只有28个被认为是此次发病的责任病原体。免疫功能低下组的患者中耶氏肺孢子菌和巨细胞病毒感染更常见，并且免疫功能低下组中mNGS引导的抗感染治疗方案有益调整的比例显著高于免疫功能正常组（48.5%vs.30.1%；P=0.008）。HAI患者较CAI患者发生细菌感染的比例更高（82%vs56%;P0.001），但mNGS对抗感染治疗方案调整的影响组间比较差异无统计学意义。此外，采用外周血和BALF标本进行mNGS引导抗感染方案有益调整的比例最高（39.0%；40.0%），但外周血mNGS造成的治疗方案无帮助的比例也高达22.0%。　　结论：　　与传统方法相比，mNGS在病原体诊断方面具有显著优势，该技术可以为危重患者提供更准确的治疗，尤其对于免疫功能低下者。

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