基于小黄鱼重新组装基因组的生长相关基因预估及SNP研究

目录

声明

第一章 前言

1.1测序技术

1.1.1第一代测序代测序

1.1.2 第2代测序

1.1.3 第3代测序

1.1.4 简化基因组测序

1.2 小黄鱼

1.2.1 石首鱼科基因组

1.2.2 其他鱼类基因组

1.3 遗传标记与SNP

1.4 研究目的和内容

第二章 小黄鱼基因组重组装与注释

2.1材料与方法

2.1.1数据来源与质控

2.1.2 基因组大小预估

2.1.3小黄鱼基因组的组装

2.1.4 与大黄鱼基因组的共线性

2.1.5 小黄鱼基因组的注释

2.2 结果与分析

2.2.1 基因组大小预估与组装

2.2.2与大黄鱼基因组的共线性

2.2.3基因组注释

2.2.4 分析与总结

第三章 基因家族及正选择基因

3.1 实验方法

3.1.1 基因家族

3.1.2 Ka/Ks正选择基因

3.2 结果与分析

3.2.1 基因家族

3.2.2 Ka/Ks正选择基因

第四章 基于2b-RAD的小黄鱼SNP开发

4.1 材料与方法

4.1.1数据来源与质控

4.1.2 变异挖掘与SNP开发

4.2 结果与分析

第五章 总结与讨论

参考文献

附录1

附录2

致谢