DNA碱基切除修复途径的多态性对结直肠癌发病的影响

摘要

目的:研究DNA碱基切除修复途径上APE1、OGG1、ADPRT、POLB、XRCC1五个基因的六个标签单核苷酸多态(tagSNP)位点的变异对汉族人群结直肠癌易患性的影响。
　　 方法:病例组为2009年1月至2009年7月在本院收治的123例原发性结直肠癌患者,其中男78例,女45例,年龄为29-8l(平均60.9±11.1)岁；对照组为158名在同一医院体检的健康成人。以病历记录方法和问卷调查取得资料。利用专业SNP功能预测工具,对目的基因的SNPs进行功能预测,最后筛选出SNP变异对基因功能有潜在影响的位点。本研究根据国际人类基因组单体型图提供的基因型选取了五个基因的六个tagSNP作为研究目标。提取外周血基因组DNA,用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱检测(MALDI-TOF)技术对候选SNP进行基因分型。根据SNP分型结果,逐个分析入选SNP各等位基因或基因型在病例与对照中的分布情况,在对照人群中做哈迪-温伯格平衡检验,符合者进入结直肠癌病例对照研究。分析各基因型对结直肠癌风险的修饰程度。各SNP的等位基因频率及基因型分布及年龄、性别、吸烟、饮酒等群体属性以哑变量法赋值后用χ2检验比较两组各因素的观察值与预期值,计算原始OR值。采用logistic回归计算吸烟、饮酒等因素校正的ORa值和95％置信区间评价基因型对CRC风险的影响。并按吸烟或饮酒因素进一步分层分析,探讨吸烟、饮酒因素各自与SNP对结直肠癌风险的交互作用,并分析不同联合基因型携带者的结直肠癌风险差异。此外还将病例组分为远端CRC与近端CRC进行分层分析,以探求两者是否在SNP与发病风险的关系上有区别。用SPSS11.5软件包进行统计分析。以双侧P<0.05为统计学差异有显著性。
　　 结果:APE1 RS1130409、OGG1 rs1052133、ADPRT rs3219145、XRCC1 rs25487等四个位点基因分型在病例对照人群中全部成功。ADPRT rs1136410在病例与对照中均有1例检测失败。POLB rs2307158在20例对照和5例患者中检测失败,其余均检测成功。10％样本重复检测结果与第一次检测结果一致。
　　 (1)哈迪-温伯格平衡检验结果显示:APE1 rs1130409、OGG1 rs1052133、ADPRT rs1136410、XRCC1 rs25487等四个位点的基因型在对照人群中分布均符合该平衡(P>0.05)。POLB rs2307158显示基因型在对照人群分布不符合平衡(P<0.05)；ADPRT rs3219145对照与患者人群中均只检测到AA、GA两种基因型,亦不符合平衡,分析因为可能是由随机抽样误差引起的偏倚,予以剔除。故纳入最后关联分析的是前述符合哈迪-温伯格平衡的四个SNP。
　　 (2)病例组和对照组人群的吸烟、饮酒等构成无显著差异,P>0.05且各因素P值均大于0.30,这些可能的影响因素在病例与对照人群中分布相似,提示两组人群在关键因素上有自然的配比,病例对照可比性好。APE1 rs1130409变异型GT/GG的OR值为1.14(95％CI0.69-1.90,P=0.613):OGG1rs1052133变异型CG/GG的OR值为0.94(95％CI0.48-1.85,P=0.866)；ADPRT rs1136410变异型TC/CC的OR值为1.02(95％CI0.61-1.68,P=0.953):以上三个SNP的基因型在病例组与对照组中分布未见显著统计学差异,提示它们对CRC风险无明显修饰作用。唯独XRCC1 rs25487变异型GA/AA频率在病例组明显高于对照组(48.0％ vs.36.1％),OR值为1.63(95％CI1.01-2.64,P=0.045,<0.05)。
　　 (3)根据吸烟或饮酒因素进一步分层分析,结果发现,在吸烟组,XRCC1R399Q的风险修饰有更显著的统计学意义,OR为2.39(95％CI1.04-5.47 P=0.038,<0.05),在不吸烟组未见XRCC1 R399Q对CRC发病的显著影响(P>0.05)。在饮酒组XRCC1 R399Q作用显著OR为3.24(95％CI1.22-8.63P=0.017),而在不饮酒组亦无统计学意义(P>0.05)。而其他三个SNP得到的结果与未分层前得到的结果相似:无论吸烟与否,无论饮酒与否,均未见SNP变异对CRC风险有显著影响(P>0.05)。
　　 (4)联合基因型分析提示,在病例组与对照组中分布有显著差异的是:APE1(V)-OGG1(V)-ADPRT(W)-XRCC1(W)组合,OR值为0.44(95％CI0.20-0.99,P=0.042,<0.05)携带该联合基因型者可能患CRC风险较小；APE1(V)-OGG1(V)-ADPRT(W)-XRCC1(V)组合,OR值为2.78(95％CI1.09-7.11,P=0.028,<0.05),该联合基因型对CRC发病风险的修饰作用是其他联合基因型的2.78倍。
　　 (5)进一步将病例组分为远端CRC与近端CRC进行分层分析,结果提示XRCC1 RS99Q变异对CRC风险的显著修饰作用只见于远端CRC。提示该SNP的风险修饰作用与远端CRC关系更密切。
　　 结论:
　　 1.通过关联研究,本研究发现了BER基因的遗传多态性影响CRC的患病风险,XRCC1 rs25487变异型是结直肠癌的易患因素。
　　 2.根据吸烟或饮酒状况的分层分析显示,XRCC1 rs25487风险基因型在吸烟者或饮酒者中更加强烈地增加CRC患病风险,在不吸烟者或无饮酒者,未见CRC风险明显增加。提示该SNP对CRC的风险修饰可能通过吸烟或饮酒起作用。
　　 3.携带联合基因型不同对结直肠癌的易患性亦不同,提示提示相互作用的蛋白其基因上的遗传多态间的相互作用可能很大程度上影响复杂疾病的易感性。
　　 4.远端与近端CRC的SNP关联分析结果迥异。只见XRCC1-rs25487变异型增加远端CRC风险,提示BER的SNP变异对远端或近端CRC发病影响可能不同。