减数分裂过程中三维基因组研究与多组学研究技术的开发

目录

声明

摘要

第一章绪论

1．1染色质高级结构研究方法简介

1．1．1基于3C的三维基因组结构研究方法简介

1．1．2非3C依赖的三维基因组结构研究方法简介

1．1．3单细胞水平的三维基因组结构研究方法

1．2染色质高级结构简介

1．2．1染色质领域和染色质隔室

1．2．2染色质拓扑结构域和染色质环

1．3染色质高级结构调控因子简介

1．3．1参与染色质高级结构调控的蛋白

1．3．2染色质高级结构相关的ncRNA

1．4染色质高级结构与转录调控简介

1．4．1 A／B compartments与转录调控简介

1．4．2 TADs、chromatin loops与转录调控简介

第二章嗜热四膜虫三维基因组结构研究

2．1绪论

2．1．1嗜热四膜虫简介

2．1．2嗜热四膜虫减数分裂简介

2．1．3嗜热四膜虫大、小核基因组

2．2研究成果

2．2．1嗜热四膜虫中Hi-C实验体系的建立及小核数据的获取

2．2．2嗜热四膜虫新月期小核特异的染色质相互作用

2．2．3嗜热四膜虫大核的三维基因组结构

2．2．4嗜热四膜虫小核的三维基因组结构

2．2．5嗜热四膜虫小核中TAD-like结构与大核染色体形成相关

2．2．6嗜热四膜虫三维基因组图谱与基因组组装

2．3结果与讨论

2．4材料与方法

2．4．1嗜热四膜虫细胞培养

2．4．2嗜热四膜虫细胞饥饿

2．4．3嗜热四膜虫细胞诱导接合生殖

2．4．4嗜热四膜虫细胞的甲醛交联

2．4．5嗜热四膜虫小核分离

2．4．6嗜热四膜虫in situ Hi-C实验

2．4．7嗜热四膜虫HiChIP实验

2．4．8嗜热四膜虫Hi-C和HiChIP数据分析

第三章小鼠精子发生过程中三维基因结构的研究

3．1背景

3．1．1小鼠精子发生过程简介

3．1．1哺乳动物精子发生过程染色质高级结构的动态变化

3．2研究成果

3．2．1小鼠精子发生过程中不同时期细胞的分离

3．2．2小鼠精子发生过程中染色质高级结构的动态变化

3．2．3小鼠精子发生过程A／B compartments的动态重组

3．2．4小鼠精子发生过程A／B compartments转换与基因表达调控

3．2．5小鼠精子发生过程中TADs发生重组

3．2．6小鼠精子发生过程中pacSC时期TADs的消失不依赖于CTCF／cohesin以及染色质开放性的改变

3．2．7成熟精子中重建的chromatin loops与早期胚胎发育相关

3．2．8减数分裂与有丝分裂过程染色质高级结构的对比

3．2．9小鼠雄性Xi与雌性Xi的染色质高级结构的对比

3．3结果与讨论

3．4材料与方法

3．4．1实验动物

3．4．2分离不同时期的精子细胞

3．4．3免疫荧光

3．4．4 In situ Hi-C实验

3．4．5 ATAC-seq实验

3．4．6 Native ChIP-seq实验

3．4．7数据分析

第四章多组学及单细胞研究技术的开发

4．1绪论

4．1．1启动子-增强子间相互作用捕获技术简介

4．1．2单细胞转录组与染色质开放性研究技术简介

4．2研究成果

4．2．1通过HiATAC捕获全基因范围内染色质开放区域间的相互作用

4．2．2通过single-cell AR同时捕获单细胞转录组与染色质开放位点

4．3结果与讨论

4．4材料与方法

4．4．1细胞培养及传代

4．4．2 ATAC-seq实验

4．4．3多聚甲醛交联细胞的ATAC-seq实验

4．4．4多聚甲醛交联细胞HiATAC实验

4．4．6未交联细胞HiATAC实验

4．4．7群体细胞AR实验

4．4．8单细胞AR实验

4．4．9数据分析

参考文献

致谢

在读期间发表的学术论文与取得的其它研究成果