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致谢
第一章文献综述
1.1水稻基因组
1.2基因组倍增
1.2.1全基因组倍增
1.2.2局部基因组倍增
1.3 DNA序列水平上的进化
1.3.1中性理论
1.3.2同义替代和非同义替代
1.3.3碱基组成的进化机制
1.3.4非编码区的选择性限制
1.4非编码区序列miRNA
1.5论文组织
第二章水稻miRNA结合位点的进化模式
2.1前言
2.2材料和方法
2.2.1实验材料
2.2.2PCR和DNA测序
2.2.3基因组倍增基因的定义
2.2.4 miRNA靶基因结合位点的预测
2.2.5序列替换、分化和系统进化分析
2.3结果与讨论
2.3.1全基因组倍增基因中miRNA靶基因的预测
2.3.2 miRNA结合位点的序列替代率
2.3.3 miRNA结合位点的核苷酸分歧度
2.3.4 miRNA结合位点的捕获和丢失
2.4附件材料
第三章水稻非编码DNA序列的进化模式
3.1前言
3.2材料和方法
3.2.1来自片段倍增基因的鉴定
3.2.2同源内含子的鉴定和联配
3.2.3分歧度的估算和选择性限制的计算
3.3结果与讨论
3.3.1内含子数据
3.3.2内含子长度
3.3.3内含子顺序和位置
3.3.4剪接位点
3.3.5 G+C碱基组成含量
3.3.6替代模式
3.4结论
第四章 水稻编码区内G+C含量的进化动力
4.1前言
4.2材料和方法
4.2.1数据源
4.2.2同源基因的定义
4.2.3密码子的使用和统计分析
4.3结果
4.3.1结构差异
4.3.2密码子使用偏好
4.3.3密码子使用的选择动力
4.3.4基因表达水平
4.4讨论
4.5附件材料
参考文献
博士期间发表论文