基于oncomine和qPCR筛选高度鳞状上皮内病变相关基因

摘要

目的：利用Oncomine数据库筛选在宫颈鳞癌患者中高表达的基因，用实时荧光定量PCR(Real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction，qPCR)技术比较这些基因在高度鳞状上皮内病变(HSIL)患者中的表达情况，寻找表达异常的基因，探索与早期宫颈癌相关的基因。
　　方法：利用Oncomine数据库挖掘在宫颈鳞癌中高表达的基因，加权计算后，重新排序，筛选出表达差异显著的基因;选择本地区12例高度鳞状上皮内病变(HSIL)病人，均行宫颈锥切术治疗，在已切下的宫颈组织中，分别选择病变组织和正常的宫颈组织，分别提取组织中的RNA，逆转录成cDNA，采用qPCR技术检测，以公式:2ΔΔCt=2ΔCt病变组织/2ΔCt正常组织（Ct值是指反应时收集的实时荧光强度达到设定阈值时所经历的扩增循环数）计算各基因表达的差异倍数，并用配对t检验，对比其在宫颈鳞癌病人中的表达。
　　结果：在Oncomine数据库中挖掘出8个(MMP1，SPP1，APOC1，MMP12，NEK2，ECT2， IDO1，HELLS)在宫颈鳞癌病人中高表达的基因;在HSIL病人中，通过qPCR技术检测及数据统计分析后，发现有7个在宫颈鳞癌中高表达的基因(MMP1，SPP1，APOC1，MMP12，ECT2， IDO1，HELLS)，在HSIL病人中同样呈高表达，差异具有统计学意义(P＜0.05)，只有一个基因(NEK2)在本次实验的HSIL病人中表达无差异。
　　结论：利用Oncomine的大样本数据，能迅速准确地挖掘出与宫颈鳞癌相关的基因。在宫颈鳞癌和在HSIL中共同高表达的7个基因，可能参与HSIL转化为宫颈鳞癌的过程，丰富了宫颈鳞癌的早期预警指标体系，为宫颈癌的早发现、预防及有效治疗提供科学依据，在可能为今后的深入研究奠定基础。

目录

声明

致谢

摘要

1 绪论

2 材料和方法

2．1 实验器材与仪器

2．2 实验方法

2．3 数据分析

3 结果

3．1 oncomine数据库相关基因筛选

3．2 各样本RNA质检报告

3．3 每一个病人不同组织中基因的表达差异结果

3．4 每一个基因在不同病人不同组织中的表达差异结果

4 讨论

5 总结

参考文献

综述 宫颈癌病因学研究进展

作者简历及在读期所取得的科研成果