杂交盘羊尾部抑制性消减文库的构建与转录组初步分析

摘要

绵羊生产中一直有为羔羊断尾的工作，不仅增加了工作量而且操作不当会使羔羊死亡，本实验室羊场有含75％血盘羊，其尾部短小，无需断尾。为探讨盘羊小尾形成的分子机制，本研究以含25%血杂交盘羊和含75%血杂交盘羊尾部组织为研究对象，采用抑制性消减杂交技术（SSH）和高通量转录组测序技术，建立抑制性消减杂交数据库与转录组差异表达数据库，以期找到与尾部发育相关的功能基因，为培育小尾羊新品种奠定基础。抑制性消减杂交实验以含25%血盘羊尾部组织为实验组，以含75%血盘羊尾部组织为对照组，构建正、反向消减杂交文库，在正、反向文库中各挑选200个阳性克隆送去公司测序，发现正向文库中测序成功129个，反向文库中测序成功109个。正向文库内随机选取了44个差异基因，反向随机取了15个差异基因。结果正向文库中 FN1和 LGALS3和反向文库中 TBX2与 TBX18可能与骨骼发育有关。
　　高通量转录组测序实验通过 Hiseq2000平台完成，测序结果通过 NR基因功能注释、GO功能分类分析和 KEGG通路富集分析，结果表明25%血和75%血杂交盘羊尾部组织 Unigene分别为133,542个和136,318个；GO功能分类注释到生物过程的 Unigene有195,878个、分子功能相关 Unigene为45,376个和细胞成分相关 Unigene有26,200个；KEGG通路富集分析得到所有基因通路注释36,503个，其中差异基因通路注释有4,807个。25%血与75%血杂交盘羊的差异表达基因共有8,515个，其中以75%血为参照，上调基因3,474个，下调基因5,041个。上调最显著的三个基因是 TPM3（78.1979）、MYH1（57.2913）和 TNNT1（34.8466），下调幅度最大基因是 MHC（-15.3141）、RNASET2（-14.3305）和 KRTAP10-8（-13.9062）。在转录测序中还发现了 T-box家族基因(TBX2、TBX3、TBX15、TBX18和 TBX19)，其中TBX3、TBX15和 TBX18是关于骨骼生长发育，很有可能在小尾形成机制中起关键作用。最终选定 TBX18和 TBX15作为绵羊小尾性状的候选基因。

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引言

第一章 文献综述

1 mRNA 差异显示法

2 cDNA 代表性差异分析(cDNA-RDA)

3 基因表达系列分析（SAGE）

4 抑制性消减杂交技术（SSH）

5 转录组测序技术及其应用

6 研究的目的与意义

第二章 试验研究

试验一 杂交盘羊尾部组织抑制性消减文库的构建与分析

试验二 转录组测序分析

全文结论

参考文献

致谢

作 者 简 介

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