IL-10、ALDH2的单核苷酸多态性与原发性肝细胞癌遗传易感性的研究

摘要

背景肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)是我国最常见的恶性肿瘤之一，死亡率居世界之首，严重威胁我国人民的生命健康。HCC恶性程度高，且发病隐匿、发展迅速，就诊时多为中晚期，预后较差。因此，确定HCC高危人群进行早期筛查并给予积极的干预是十分有必要的。新近的研究发现，人类个体间基因组的分子遗传多态性可能与肿瘤易感性有关。研究肝癌相关基因的SNPs与肝癌的相关性，将有助于我们列出肝癌人群中频率较高的SNPs谱。 目的探讨白细胞介素-10(IL-10)和乙醛脱氢酶2(ALDH2)的10个单核苷酸多态性(SNP)与天津地区汉族人原发性肝细胞癌(HCC)易感性的相关性。 方法本研究用从外周血血凝块及肝组织中提取的基因组DNA、肝组织提取总RNA的逆转录产物作为扩增模板，应用聚合酶链式反应、寡核苷酸基因芯片杂交的方法对115例天津地区汉族人IL-10启动子区3个多态位点(-1082A/G、-829T/C、-592A/C)等位基因和基因型频率进行分析，慢性乙型肝炎、肝硬化、健康对照各30例，HCC25例。HCC组和健康对照组同时进行了ALDH26个多态位点(rs1064933、rs671、rs11066025、rs7397491、rs2158028、rs2106696：前2个位于外显子区域，后4个位于内含子区域)的分析。另外，对于肝癌组还分析了两种基因包括ALDH2rs1062136A/T在内的10个多态位点的基因型在肿瘤组织及正常肝组织(手术切缘)中是否存在差异。应用卡方检验比较各组间的等位基因和基因型频率，分析等位基因以及基因型与HCC及肝病的相关性。 结果1.未发现IL-103个多态位点及ALDH2rs11066025A/G多态位点的多态性。2.ALDH2的5个多态位点(rs1064933、rs671、rs7397491、rs2158028、rs2106696)存在相应的两种等位基因和三种基因型。但是，等位基因和基因型在HCC与对照组之间的差异均无统计学意义(p＞0.05)。3.HCC组中，对于同一个体肿瘤组织与正常肝组织10个多态位点的比较，全部25例肝癌患者的肿瘤组织和正常组织在基因型上完全一致。 结论1.天津地区汉族人中可能不存在IL-103个多态位点及ALDH2rs11066025A/G多态位点的多态性。2.ALDH2的5个SNP位点，等位基因及基因型频率在肝癌组与健康对照组中的分布无显著性差异，这些多态性位点并不增加天津地区汉族人肝癌的患病风险，不影响肝癌的易感性，故我们可以初步排除这些位点与肝癌的关联，可初步认为ALDH2的这5个SNP位点(rs1064933、rs671、rs7397491、rs2158028、rs2106696)可能对肝细胞癌的发生无影响。3.10个SNP位点可能不存在与肝癌相关的突变。

目录

文摘

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第1章引言

第2章材料和方法

第1节主要仪器

第2节主要试剂和耗材的来源、配制

第3节样本收集和模板DNA制备

2.3.1标本收集

2.3.2模板DNA制备

第4节目的SNP的检测

2.4.1引物及寡聚核苷酸探针设计和合成

2.4.2 PCR

2.4.3电泳及结果判定

2.4.4使用DIG-PCR MIX进行探针标记

2.4.5基因芯片的制备

2.4.6 DIG标记探针的灵敏度检测

2.4.7杂交及洗膜条件的优化

2.4.8芯片杂交重复性检测

2.4.9寡核苷酸基因芯片杂交

第5节统计学处理

第3章结果

第1节IL-10、APDH210个SNP信息的搜索

第2节模板DNA的制备

3.2.1肝组织中人基因组DNA的提取

3.2.2外周血血凝块中人基因组DNA的提取

3.2.3肝组织中总RNA的提取

第3节PCR反应扩增目的片段

第4节基因芯片的制备

3.4.1寡核苷酸探针的设计与合成

3.4.2杂交芯片点样阵列的设计

3.4.3 Dig标记探针的灵敏度检测结果

3.4.4杂交时间及洗膜条件的优化

3.4.5芯片杂交重复性检测

3.4.6杂交膜及最佳照射剂量的选择

第5节杂交结果

3.5.1 IL-10-1082 A/G、IL-10-829 T/C、IL-10-592 A/C多态

3.5.2 ALDH2rs1062136 A/T多态

3.5.3 ALDH2 rs1064933 A/G多态

3.5.4 ALDH2rs671 A/G多态

3.5.5 ALDH2 rs11066025 A/G多态

3.5.6 rs7397491 A/G多态

3.5.7 rs2158028 A/G多态

3.5.8 rs2106696 A/T多态

3.5.9肝癌患者中肿瘤组织与正常肝等位基因/基因型的分布

第4章讨论

第1节肝癌的遗传易感性研究

第2节单核苷酸多态性的研究

4.2.1单核苷酸多态性定义

4.2.2 SNP的生物学特点

4.2.3 SNP的生物学意义

4.2.4 SNP的几种检验方法

第3节寡核苷酸基因芯片用于检测单核苷酸多态性

第4节IL-10三个位点的等位基因/基因型频率与肝癌风险的关系

第5节ALDH2七个多态位点的等位基因/基因型与肝癌风险的关系

第6节SNP研究中存在的问题及其展望

第5章结论

致谢

参考文献

附录

个人简介

综述SNP的研究进展