基于转录组测序的花椒和竹叶花椒EST-SSR开发及遗传多样性研究

摘要

花椒，为我国重要药用和经济树种，其果皮为辛香料原料。目前花椒市场存在品种繁多混杂和种质来源不清等的问题。本研究运用转录组高通量测序技术对花椒进行测序分析，以获得的大量EST序列信息和SSR位点信息核心进行EST-SSR引物筛选，利用筛选得到的引物对收集到的125份花椒属植物的遗传多样性和亲缘关系进行研究，以期为今后花椒属的鉴定和遗传多样性分析提供参考。主要研究结果如下:
　　(1)花椒和竹叶花椒转录组测序后，每个样本测序产生的序列条数(clean reads)均超过0.3亿条，共产生超过2.58亿条序列;每个样本碱基数(clean bases)均大于4G，总碱基数达到38.76G，测序准确率Q20均超过95％，Q30超过90％。在对原始数据进行质控后，共有超过2.45亿条高质量序列。同时，产生了36.76G的高质量测序数据(clean data)，平均Q20准确率均超过97％，Q30准确率超过93％。
　　(2)花椒Unigene共有64，944条，碱基对长度共54，073，890bp，共发现12，746个SSR位点，分布在10，595条Unigene中，发生频率为16.31％，平均4.24kb有一个SSR位点。竹叶花椒中Unigene共75，669条，碱基对长度58，975，053bp，共发现15，096个SSR位点，分布在12，612条Unigene中，发生频率为16.67％，平均3.91kb有一个SSR位点。
　　(3)筛选得到26对具有较高多态性的EST-SSR引物，其中，基于花椒筛选出12对，竹叶花椒14对。
　　(4)选取6对EST-SSR引物，对125份采自全国各地的花椒属植物进行了亲缘关系和遗传多样性鉴定，结果显示6对引物能明显区分开125份样本中的花椒和竹叶花椒，种间区分明显，但对花椒和竹叶花椒种内的区分不明显。
　　综上所述，花椒和竹叶花椒种间遗传分化明显;花椒属植物种内遗传多样性不大，无明显地域性区别。

目录

声明

摘要

1绪论

1．1花椒概述

1．1．2竹叶花椒生物学特性

1．1．3花椒药用价值

1．1．4花椒主要栽培品种

1．2遗传多样性及其在花椒上的应用

1．2．1形态学标记

1．2．2细胞学标记

1．2．3生化标记

1．2．4分子标记

1．2．5分子标记在花椒遗传多样性研究的应用

1．3转录组测序

1．3．2转录组测序技术发展

1．3．3转录组测序在植物上的应用

1．4研究目的与意义

1．5研究内容与技术路线

1．5．1研究内容

2转录组测序及EST-SSR引物的筛选

2．1测序材料与文库构建

2．1．4试剂

2．1．5实验器材

2．1．6 RNA提取及转录组测序

2．2引物有效性及多态性筛选

2．2．1引物筛选材料

2．2．2试剂及设备

2．2．3实验方法

2．3测序结果

2．3．1花椒和竹叶花椒RNA质量检测

2．3．2原始测序质量

2．3．3 Unigene基本结果

2．3．4 Unigene与数据库比对情况

2．3．5花椒与竹叶花椒基因表达量

2．4．1 SSR特征

2．4．2 SSR频率与分布距离

2．4．3花椒SSR类型特征

2．4．4竹叶花椒SSR类型特征

2．4．5 SSR引物有效性筛选

2．4．6确证SSR引物的多样性分析

3遗传多样性和亲缘关系分析

3．1材料与方法

3．1．1实验材料

3．1．2实验方法

3．2实验结果

3．2．1引物分析

3．2．2群体遗传多样性分析

3．2．3个体遗传多样性分析

4讨论

4．2分子标记EST-SSR

4．3引物筛选

4．4等位基因分析

4．5遗传多样性

5结论

参考文献

致谢

作者简历