CpG岛甲基化表型结直肠癌新标记物及临床病理特征研究

摘要

目的:CpG岛甲基化表型(OMP)是一种特殊的结直肠癌亚型，其特征在于基因启动子中的CpG岛大量甲基化，导致一些肿瘤抑制基因或肿瘤相关的基因失活。CIMP被发现与多种不同的临床和分子特征有关，比如对5-FU和西妥昔单敏感性低，患者预后更差等。然而，迄今CIMP结直肠癌的临床和分子特征之间仍然存在争议。造成这种争议的原因包括:研究人群的种族差异、病例对照选择标准，用于定义CIMP甲基化表型的基因marker不同，和DNA甲基化检测的方法不同。寻找新的CIMP marker和更为灵敏的检测方法是研究和评估CIMP肿瘤的主要挑战。本研究选择了5个新的基因SHISA3，STC2，TMEM200B，CTSL1和LRIF1，从散发性结直肠癌中筛选和鉴定CpG岛甲基化表型。
　　方法:我们前期利用MBP沉淀测序的方法，比较了3对普通结直肠癌和正常对照，3对CIMP（利用经典的CIMP marker）的DNA甲基化谱，最终选择了5个仅在CIMP肿瘤中甲基化的基因作为标记分子，SHISA3，STC2，TMEM200B，CTSL1 LRIF1。分别收集216对结直肠癌和正常对照组织，抽提DNA后进行重亚硫酸盐处理，分别检测新的5对分子marker SHISA3，STC2，TMEM200B，CTSL1 LRIF1和经典的分子marker CACNA1G，IGF2，NEUROG1，RUNX3，SOCS1的甲基化情况。为了更准确地量化甲基化，我们使用数字PCR(ddPCR)新技术来检测甲基化情况。
　　结果:在我们分析的216个肿瘤，我们选择新的基因SHISA3，STC2，TMEM200B，CTSL1 LRIF1敏感性，特异性，PPV和NPV分别是80％，95.3％，85.7％和93.2％，比之前验证5个经典的基因CACNA1G，IGF2，NEUROG1，RUNX3，SOCS1有更高的敏感性和特异性;CIMP肿瘤中BRAF突变更为常见，但K-RAS突变低于非CIMP肿瘤。CIMP生存率显著低于非CIMP肿瘤。
　　结论:新CIMP基因组合比经典5个基因组合具有更高的敏感性和特异性。

目录

声明

摘要

缩略词表

前言

一、材料与方法

(一)患者和样本收集

(二)从组织和血液样本中抽提DNA

(三)亚硫酸氢盐处理

(四)通过数字PCR进行CpG岛甲基化分析

(五)病理检查、DNA提取，KRAS和BRAF分析

二、结果

(一)选择CIMP新的筛选标记

(二)CIMP筛选标记的特异性

(三)CIMP新的筛选标记的特异性和灵敏度

(四)CpG岛甲基化表型与临床特征的关系

三、讨论

参考文献

综述一 CpG岛甲基化表型在结直肠癌中的研究进展

综述二 CPG岛甲基化表型在恶性肿瘤中的研究进展

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致谢