沉积物陆丹氏菌(Loktanella sediminum sp.nov.)等3株东海新菌的分类鉴定

摘要

中国东海(East China Sea，ECS)是西太平洋的一个边缘海，位于我国大陆东侧，大致范围在21-33° N、117-131° E之间。东海拥有丰富的海洋生物资源，而且还是中国油气资源储备的战略要地。海洋微生物所具有的独特的生理代谢特征及其生态功能，具有非常重要的研究意义和广泛的应用前景。对这些微生物进行系统地分类和鉴定，可以丰富海洋微生物种类，为研究其在生物地球化学循环中的作用、开发生物活性物质奠定基础。
　　本论文利用多相分类法对从东海表层海水及表层沉积物中分离得到的三株海洋新菌进行了鉴定，分别命名为:沉积物陆丹氏菌(Loktanella sediminumsp.nov.)、海水纪氏菌(Jiella aquimaris gen.nov.，sp.nov.)和耐盐橙芽孢杆菌(Aurantibacillus halotolerans gen.nov.,sp.nov.)。
　　1.沉积物陆丹氏菌（Loktanella sediminum sp.nov.）S3B03T的分类鉴定:
　　S3B03T属于α-变形菌纲，陆丹氏菌属的一个新种，命名为沉积物陆丹氏菌（Loktanella sediminum sp.nov.），标准菌株为S3B03T(=JCM30120T=DSM28715T=MCCC1K00257T)。从遗传学特征来看，S3B03T的16S rRNA基因序列与Loktanella litorea KCTC23883T的相似度最高，为96.16％，与Loktanella属其他种的相似度在92.99-95.38％之间。S3B03T细胞为革兰氏阴性，短杆状，无鞭毛，胞内贮存有PHB(poly-β-hydroxybutyrate)颗粒。基因组DNA G+C含量为57.6 mol％，主要的呼吸醌为泛醌-10(Q-10)，主要的脂肪酸（含量超过10％）为summed feature8(C18∶1ω7c and/or C18∶1ω6c)，主要的极性脂为磷脂酰甘油(PG)、双磷脂酰甘油(DPG)、卵磷脂(PC)、磷脂酰乙醇胺(PE)和两种未鉴定的极性脂(L1、L2)。
　　2.海水纪氏菌(Jiella aquimaris gen.nov.，sp.nov.)LZB041T的分类鉴定:
　　LZB041T属于α-变形菌纲，橙单胞菌科的一个新属新种，命名为海水纪氏菌(Jiella aquimaris gen.nov.，sp.nov.)，标准菌株为LZB041T(=JCM30119T=MCCC1K00255T)。遗传学分析表明，LZB041T与橙单胞菌科的菌亲缘关系最近，其16S rRNA基因序列与Aurantimonas和Aureimonas属的相似度比较接近，分别为96.0-96.4％和94.5-96.0％。LZB041T细胞为革兰氏阴性，杆状，周生鞭毛。基因组DNA G+C含量为71.3 mol％，主要的呼吸醌为泛醌-10(Q-10)，主要的脂肪酸（含量超过10％）为summed feature8(C18∶1ω7c and/orC18∶1ω6c)和cyclo-C19∶0ω8c，主要的极性脂为磷脂酰甘油(PG)、双磷脂酰甘油(DPG)、卵磷脂(PC)、磷脂酰乙醇胺(PE)、磷脂酰单甲基乙醇胺(PME)、一种未鉴定的氨基脂(AL)、一种未鉴定的磷脂(PL)和一种未鉴定的极性脂(L)。
　　3.耐盐橙芽孢杆菌（Aurantibacillus halotolerans gen.nov.，sp.nov.）S1203T的分类鉴定:
　　S1203T属于厚壁菌门，芽孢杆菌科的一个新属新种，命名为耐盐橙芽孢杆菌(Aurantibacillus halotolerans gen.nov.，sp.nov.)，标准菌株为S1203T(=JCM30067T=DSM28697T=MCCC1K00259T)。从遗传学特征来看，S1203T与芽孢杆菌科的菌亲缘关系最近，其16S rRNA基因序列与Bacillus属的相似度为86.2-93.8％。S1203T细胞为革兰氏阳性，杆状，周生鞭毛，且产生芽孢。基因组DNA G+C含量为47.7 mol％，主要的呼吸醌为甲基萘醌-7(MK-7)，细胞壁特征二氨基酸为meso-diaminopimelic acid（meso-Dpm），主要的脂肪酸（含量超过10％）为anteiso-C15∶0、iso-C15∶0和C16∶0，主要的极性脂为磷脂酰甘油(PG)、双磷脂酰甘油(DPG)、一种未鉴定的糖脂(GL)和一种未鉴定的磷脂(PL)。

目录

声明

摘要

第一章 前言

1 海洋微生物

2 东海概述

3 原核生物分类鉴定的研究进展

4 海洋新菌的分类鉴定

4．1 基于遗传学的分类鉴定

4．2 表型特征鉴定

4．3 海洋新菌鉴定的基本流程

5 本论文研究的目的和意义

第二章 海洋细菌新种—沉积物陆丹氏菌(Loktanella sediminum sp． nov．)的分类鉴定

1 实验材料与仪器

1．1 实验菌株

1．2 主要仪器

1．3 试剂及培养基

2 实验方法

2．1 菌株的分离、纯化及保藏

2．2 基于遗传学的分类鉴定

2．3 表型特征的鉴定

3 实验结果

3．1 遗传学特征的分类鉴定结果

3．2 表型特征的分类鉴定结果

4 讨论

第三章 海洋细菌新属新种—海水纪氏菌(Jiella aquimaris gen．nov．，sp．nov．)的分类鉴定

1 实验材料与仪器

1．1 实验菌株

1．2 主要仪器

1．3 试剂及培养基

2 实验方法

2．1 菌株的分离、纯化及保藏

2．2 基于遗传学的分类鉴定

2．3 表型特征的鉴定

3 实验结果

3．1 遗传学特征的分类鉴定结果

3．2 表型特征的分类鉴定结果

4 讨论

第四章 海洋细菌新属新种—耐盐橙芽孢杆菌(Aurantibacillus halotolerans gen．nov．，sp．nov．)的分类鉴定

1 实验材料与仪器

1．1 实验菌株

1．2 主要仪器

1．3 试剂及培养基

2 实验方法

2．1 菌株的分离、纯化及保藏

2．2 基于遗传学的分类鉴定

2．3 表型特征的鉴定

3 实验结果

3．1 遗传学特征的分类鉴定结果

3．2 表型特征的分类鉴定结果

4 讨论

总结

参考文献

附录 缩略词表

致谢

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