声明
第一章 综述
1.1 分子动力学模拟
1.2 介电常数对HIV-1蛋白酶-配体结合自由能预测的影响
1.3 链霉亲和素-生物素体系中结合自由能的协同性探究
1.4本文结构
第二章 理论基础
2.1 分子力场
2.2 结合自由能计算方法
第三章 内部介电常数与熵贡献对HIV-1复合物结合自由能预测的影响
3.1 研究意义及背景介绍
3.2 体系选取及分子动力学（MD）模拟过程
3.3 分析与讨论
3.3.1 稳定性分析
3.3.2 相互作用能与相互作用熵收敛性分析
3.3.3 介电常数、熵贡献对结合自由能预测的影响
3.3.4 HIV-1及其抑制剂相互作用的机制
3.3.5 桥梁水分子对结合自由能的贡献
第四章 应用相互作用熵方法研究链霉亲和素-生物素体系中变异引起的能量协同性
4.1 体系介绍及概括
4.2 分子动力学（MD）模拟过程
4.3 稳定性分析
4.4 结合自由能分析
4.5 结合机制分析
4.5.1 氢键网络分析
4.5.2 单个残基的结合自由能分解及热点残基预测
4.5.3 单个残基的协同性
参考文献
第五章 总结与展望
攻读硕士学位期间发表的学术论文
致谢
