延边黄牛TCAP、DECR1、PRKAG3基因SNP检测及与肉质性状的关联分析

摘要

本研究以延边黄牛为研究对象，利用PCR-SSCP方法对TCAP、DECR1、PRKAG3基因进行检测，分析基因的遗传特性并寻找与肉质性状相关的SNPs位点，分析SNP位点不同基因型与生产性状的关联关系。结果如下：
　　（1）TCAP基因存在3个突变位点，分别为267位点的C-T突变、300位点的T-C突变、336位点的A-G突变；DECR1基因存在2处突变，分别为23263处的A-G突变，23473处的A-G突变；PRKAG3基因检测到4738处存在C-T突变。
　　（2）三个基因除DECR1基因不处于Hardy-Weinberg平衡状态外，其他均处于Hardy-Weinberg平衡状态。遗传变异情况分析表明，TCAP基因的纯合度、杂合度、有效等位基因数分别为0.6322、0.3678、1.5818；DECR1基因的纯合度、杂合度、有效等位基因数分别为0.6922、0.3078、1.4447；PRKAG3基因的纯合度、杂合度、有效等位基因数分别为0.6113、0.3887、2.5727。三个基因的多态信息含量分别为0.3013、0.2604、0.3051，均为属于中度多态。
　　（3）TCAP、DECR1、PRKAG3三个基因与肉质性状的相关分析发现，TCAP基因基因型AA对蒸煮损失有一定的负面影响；基因型AB对c*24（彩度）存在一定的正面影响。DECR1基因型AA对蒸煮损失、pH24性状有一定的负效应。基因型BB对pH1有一定的负面影响；基因型AB对L*1（亮度）有一定的正面影响。PRKAG3基因基因型AB对嫩度存在一定的正面影响；基因型AB对a*24（红色度）和b*24（黄色度）值有一定的负面影响。
　　（4）TCAP、DECR1、PRKAG3三个基因与脂肪酸含量的连锁分析表明，DECR1基因的基因型BB对肉豆蔻酸的组成有一定的负面影响；基因型BB对硬脂酸、亚麻酸有一定的正面影响；PRKAG3基因的基因型BB与油酸存在一定的正相关。TCAP基因各基因型之间没有发现显著差异。
　　（5）TCAP、DECR1、PRKAG3三个基因与氨基酸含量之间的连锁分析发现，TCAP基因基因型BB对甘氨酸含量存在一定的正面影响。DECR1基因基因型BB对组氨酸与赖氨酸有一定的负面影响。PRKAG3基因基因型AA对天冬氨酸有一定的正面影响；基因型AB对谷氨酸、丙氨酸、脯氨酸、精氨酸和缬氨酸含量均有一定的正面影响。

目录

声明

前言

第一章 延边黄牛及肉质相关基因的研究进展与SNP简介

1.1 延边黄牛研究现状及发展趋势

1.1.1 延边黄牛品种特性

1.1.2 关于延边黄牛的研究现状

1.1.3 延边黄牛的育种趋势

1.2 牛肉质性状相关基因研究进展

1.2.1 TCAP基因简介与研究现状

1.2.2 DECR1基因简介与研究现状

1.2.3 PRKAG3基因简介与研究现状

1.3 单核苷酸多态性（SNP）及其检测方法

1.3.1 SNP定义及变异类型

1.3.2 SNP的特点

1.3.3 SNP检测方法

1.3.4 SNP标记在畜牧生产中的应用

第二章 延边黄牛TCAP、DECR1、PRKAG3基因SNP检测及与生产性能的关联分析

2.1 材料与方法

2.1.1 试验动物与样品采集

2.1.2 载体及宿主菌

2.1.3 主要试剂

2.1.4主要仪器设备

2.1.5主要试剂的配制

2.1.6 主要软件和互联网资源

2.2 方法

2.2.1 基因组DNA的提取

2.2.2 DNA浓度和纯度的检测

2.2.3 引物选择与设计

2.2.4 PCR反应

2.2.5 PCR产物检测

2.2.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测

2.2.7 PCR扩增产物的凝胶纯化

2.2.8 目的片段的克隆与序列测定

2.2.9肉质性状数据的测定

2.3 统计分析

2.3.1 遗传参数估计

2.3.2 生产性状关联分析

2.4 结果与分析

2.4.1 血液基因组DNA提取检测结果

2.4.2 TCAP、DECR1、PRKAG3基因PCR扩增结果

2.4.3 PCR-SSCP检测结果及克隆测序结果

2.5 统计分析结果

2.5.1 基因遗传效应分析

2.5.2 生产性能连锁分析

2.6 讨论

2.6.1 肉质性状的评定指标

2.6.2 TCAP基因的遗传特性

2.6.3 DECR1基因的遗传特性

2.6.4 PRKAG3基因的遗传特性

2.6.5 SNP的研究方法

结论

参考文献

致谢