平贝母（Fritillaria ussuriensis Maxim）中Copia-like类反转座子反转录酶序列的克隆与分析

摘要

大量研究表明Copia-like类反转座子在高等植物的基因组中广泛存在，且可能是植物基因组中最丰富的元件。序列分析表明这些来自于不同植物中的Copia-like类反转座子在其结构中的反转录酶区域存在非常保守的序列。本研究根据Copia-like类反转座子反转录酶的保守位点设计简并引物，从平贝母(FritillariaussuriensisMaxim)基因组中扩增得到了长度为240bp左右的PCR产物。对扩增产物进行分离和克隆，并随机挑选76个克隆进行测序，结果得到了57个不同的序列。BlastX分析以及与已鉴定的Copia-like类反转座子反转录酶区域序列比对表明这些克隆序列均为真实的反转录酶序列。进行同源序列的比对发现，这些序列可分为11组，且这些核苷酸序列在组内和组间均有较大的差异，表明核苷酸序列的高度异质性。这57个序列中，仅有12个为完整的序列，其余的都有移码突变，终止子或二者兼有。Southern杂交结果显示了各组序列在平贝母基因组中的分布情况。甲基化分析则表明这些序列在平贝母的基因组中均被高度甲基化。

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