GPI-PLD基因与酶蛋白质结构的生物信息学分析

摘要

利用生物信息学技术，系统研究不同生物的GPI-PLD基因及其表达产物cDNA和蛋白质的分布特点，重点分析人的基因及其酶蛋白的结构。
　　搜索基因和蛋白质数据库如IntEnz，Swiss-Prot ExPASy等，结合检索相关论文数据库如 MEDLINE，PROSITE Database等，获得GPI-PLD(PLD1)的数据资料，利用网络和研究基因与蛋白质的相关软件，如BLAST、MEGA5、ClustalX、PAUP、PHYLIP等软件，比对不同生物GPI-PLD基因的DNA序列、cDNA序列和蛋白质序列，分析GPI-PLD基因的结构特点，酶蛋白质的结构特点，同源进化树等方面的内容。
　　1.30余种生物存在GPI-PLD基因，它们都为脊椎动物，人和猩猩该基因均定位在第6号染色体，人基因组GPI-PLD基因全长70791bp，包括25个外显子，24个内含子。细菌没有该基因。
　　2.分析18种（重点分析7种）生物的GPI-PLD DNA序列，发现人与黑猩猩的同源性最高，人与鸡的同源性最低。人GPI-PLD基因编码区的碱基变异以单核苷酸多态性(SNPs)最常见。变异的类型主要涉及同义突变和错义突变。
　　3.20余种生物表达GPI-PLDmRNA(cDNA)或酶蛋白。涉及到骨髓、胰腺等器官，以及RAW-264.7、SW-742等细胞株。亚细胞器包括细胞质膜、高尔基体和分泌囊泡等。人GPI-PLD cDNA全长约2800 bp，人骨髓、胰腺和肝克隆的cDNA同源性超过95％。
　　4.不同生物根据其基因推测的或经实验证实的GPI-PLD酶分子均为一条多肽链，其长短各不相同，同源进化树分析表明，人与海象进化更近，而与白颊长臂猿的进化最远。
　　5.分析GPI-PLD酶分子，发现它既是糖蛋白也可被磷酸化修饰。酶分子中存在7个重复肽段，三个钙结合位点，8个糖基化位点，还有锌结合位点。
　　6.分泌性GPI-PLD在测定其酶活性时必须加离子去垢剂，其最适pH为pH5-pH8。苏拉明、离子去垢剂等是该酶的激活剂，而邻二氮杂菲、溶血磷脂酸等是该酶的抑制剂。
　　检索基因、蛋白质和相关论文等数据库，获取了大量GPI-PLD的数据和资料，分析或软件分析后获得了存在和表达该基因的生物种类，发现了人类该基因的结构特点、表达器官等，许多有意义的其它发现如人与其它生物该基因和酶的同源性、进化树等内容也被解析出来。

目录

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论文说明

摘要

缩略词汇表

1．绪论

1．1 论文研究的目的与意义

1．2 国内外研究现状

1．3 论文主要工作与组织结构

2．GPI-PLD基因分析

2．1 GPI-PLD基因的染色体定位

2．2 人GPI-PLD基因的核苷酸序列

2．3 人GPI-PLD基因常见的碱基变异

2．4 人GPI-PLD基因的结构

2．5 人GPI-PLD cDNA的基因序列

2．6 小结

3．不同生物GPI-PLD的表达及其蛋白质的同源性分析

3．1 不同生物表达GPI-PLD mRNA或酶蛋白质的分析

3．2 不同生物表达GPI-PLD酶蛋白质的序列比对及其计分

3．3 GPI-PLD酶蛋白质的分子进化分析

3．4 GPI-PLD与磷脂酶C的同源盒分析

3．5 小结

4．GPI-PLD酶蛋白与酶活性及其测定条件的分析

4．1 GPI-PLD酶的分子结构

4．2 人类GPI-PLD酶蛋白质一级结构的分析

4．3 GPI-PLD酶活性的测定

4．4 GPI-PLD酶活性的抑制剂与激活剂

4．5 小结

5．总结与展望

5．1 总结

5．2 问题与展望

参考文献

致谢